佛山市第二人民医院专科实力雄厚，危急重症诊疗水平处于先进行列。设临床科室47个（其中一级临床科室18个、二级临床科室29个）、医技科室15个。其中，拥有国家级临床重点培育专科1个（眼科）、国家中医药管理局级医学重点专科培育项目1个（耳鼻咽喉科），省级临床重点专科3个（眼科、耳鼻咽喉科、口腔医学科），市级临床重点专科8个（眼科、耳鼻咽喉科、口腔医学科、临床护理、临床药学科、临床检验科、心内科、普外科）。心血管内科、眼科、麻醉科、临床药学科被认定为佛山市十四五高水平医学重点专科；普通外科、骨科被认定为佛山市十四五医学重点专科；呼吸内科、肝胆外科、护理被认定为佛山市十四五培育医学重点专科。医院整合学科优势，成功打造多个国家级中心——胸痛中心、房颤中心、心衰中心、心脏康复中心、高级卒中中心建设单位。佛山市眼科精准医疗工程技术研究中心、佛山市临床医药研究中心、佛山市企业博士后站临床综合实验室、佛山市眼科研究所、佛山市防盲办公室、佛山市低视力康复指导站、广东省红十字眼角膜捐献中心佛山工作站等也设在我院。